يعتمد التأثير الإيجابي لزيت بذر الكتان على التوازن المثالي للأحماض الدهنية غير المشبعة، مثل حمض ألفا لينولينيك أوميغا 3، والذي تصل نسبته إلى 70% والأحماض الدهنية أوميغا 6.
وأكدت الجمعية الألمانية للتغذية على أن النسبة العالية من الأحماض الدهنية غير المشبعة تساعد في تجنب الإصابة بأمراض القلب والأوعية الدموية، كما إنها تحد من مخاطر الالتهابات والنوبات القلبية، وتعمل الأحماض الدهنية غير المشبعة أيضاً على تنظيم مستويات الكوليسترول وضغط الدم.
وتعد الفيتامينات من العناصر الغذائية المهمة في زيت بذر الكتان، وتظهر أهمية هذه الفيتامينات في بناء الخلايا ووظائف الجهاز العصبي وتخثر الدم، كما إنها تساعد في تكوين مادة السيروتونين، التي ترفع من الحالة المزاجية وتساعد في حل المشكلات النفسية مثل الاكتئاب والقلق، وتعمل مضادات الأكسدة في زيت بذر الكتان على الحماية من الجذور الحرة ومكافحة الشيخوخة.